Gnosjö kommun består av ett naturlandskap med stor variation i form av sjöar och vattendrag, höjder och dalgångar samt ett öppet odlingslandskap. Det finns 111 sjöar i kommunen (större än 1 hektar). I sydöstra delen av kommunen ligger nationalparken Store mosse med fågelrika sjöar, kärr och en av Sydsveriges största högmossar. Den högsta punkten i kommunen ligger i Gunnilstorp, 337 meter över havet.